Appendix III

Atom Type and Group Type E-State Index Symbols

Molconn-Z computes E-state indices for the atoms types listed here. See Chapter 2. The tom name consists of symbols for the bonds in the group (s, d, t, a) and symbols for the elements in the group. The hydroxyl group is sOH, the ether oxygen ssO, the keto oxygen dO.

Molconn-Z Atom Type ID Definitions

Atom Type Limits

MOLCONNZ_ATOM_TYPES 137
MOLCONNZ_HATOM_TYPES 21

Atom Type ID Definitions

Ref. Num Atom Group
Atom Type Symbol
Molconn-Z Style Sybyl Style
0 dummy Du 
1 -OH HsOH  H.o
2 =NH HdNH  H.n ((N.2:1)
3 -SH HsSH  H.s
4 -NH2 HsNH2  H.n (N.3:2)
5 -NH- HssNH  H.n (N.3:1)
6 :NH: HaaNH  H.n (N.ar:1) 
7 -NH3+ HsNH3p  H.n (N.4:3) 
8 -NH2-+ HssNH2p  H.n (N.4:2) 
9 >NH-+ HsssNHp  H.n (N.4:1) 
10 #CH HtCH  H (C.1:1)
11 =CH2 HdCH2 H (C.2:2) 
12 =CH- HdsCH H (C.2:1) 
13 :CH: HaaCH H (C.ar:1) 
14 CHnX HCHnX  H (C w/F,Cl)
15 CHn (saturated) HCsats H (C saturated)
16 CHn (unsatd.) HCsatu H (C unsatd.)
17 CHn (aromatic) HAvin H (C.ar)
18 - - -
19 CHn Hother  H (C)
20 AHn Hmisc H (not C, N, O. S)
21 - - -
22 -Li sLi  Li
23 -Be- ssBe  Be
24 >Be<-2 ssssBem Be.m
25 -BH2 sBH2 B:2 
26 -BH- ssBH  B:1
27 -B< sssB  B
28 >B<- ssssBm  B.m
29 - - -
30 - - -
31 - - -
32 -CH3 sCH3  C.3:3
33 =CH2 dCH2  C.2:2
34 -CH2- ssCH2  C.3:2
35 #CH tCH  C.1:1
36 =CH- dsCH  C.2:1
37 :CH: aaCH  C.ar:1
38 >CH- sssCH  C.3:1
39 =C= ddC  C.1 (allene)
40 #C- tsC  C.1
41 =C< dssC  C.2
42 :C:- aasC  C.ar
43 ::C: aaaC  C.ar (unsubs)
44 >C< ssssC  C.3
45 - - -
46 - - -
47 - - -
48 - - -
49 - - -
50 - - -
51 - - -
52 -NH3+ sNH3p  N.4:3
53 -NH2 sNH2  N.3:2
54 -NH2-+ ssNH2p  N.4:2
55 =NH dNH  N.2:1
56 -NH- ssNH  N.3:1
57 :NH: aaNH  N.ar:1
58 #N tN  N.1
59 >NH-+ sssNHp  N.4:1
60 =N- dsN  N.2
61 :N: aaN  N.ar (w/lp)
62 >N- sssN  N.3
63 -N<< ddsN  N.pl3 (NO2)
64 :N:- aasN  N.ar
65 >N<+ ssssNp  N.4
66 - - -
67 - - -
68 - - -
69 - - -
70 - - -
71 - - -
72
73 -OH sOH  O.3:1
74 =O dO  O.2
75 -O- ssO  O.3
76 :O: aaO  O.ar
77 :O-0.5 aOm O.co2
78 -O- sOm  O.m
79 - - -
80 - - -
81 - -
82 -F sF F
83 - - -
84 -SiH3 sSiH3  Si.3:3
85 -SiH2- ssSiH2  Si.3:2
86 >SiH- sssSiH  Si.3:1
87 >Si< ssssSi  Si.3
88 -PH2 sPH2  P.3:2
89 -PH- ssPH  P.3:1
90 >P- sssP  P:3
91 ->P= dsssP  P.o
92 -=P= ddsP  P.o2 
93 ->P< sssssP  P (dsp3)
94 - - -
95 -SH sSH  S.3:1
96 =S dS  S.2
97 -S- ssS  S.3
98 aSa aaS  S.ar
99 >S= dssS  S.o
100 >S== ddssS  S.o2
101 >S<< ssssssS  S (d2sp3)
102 - - -
103 - - -
104 -S- Sm sS.m
105 - - -
106 -Cl sCl  Cl
107 -GeH3 sGeH3  Ge.3:3
108 -GeH2- ssGeH2  Ge.3:2
109 >GeH- sssGeH  Ge.3:1
110 >Ge< ssssGe  Ge.3
111 -AsH2 sAsH2  As.3:2
112 -AsH- ssAsH  As.3:1
113 >As- sssAs  As.3
114 ->As= dsssAs  As.o
115 -=As= ddsAs  As.o2
116 ->As< sssssAs  As (dsp3)
117 -SeH sSeH  Se.3:1
118 =Se dSe  Se.2
119 -Se- ssSe  Se.3
120 aSea aaSe  Se.ar
121 >Se= dssSe  Se.o
122 >Se<< ssssssSe  Se (d2sp3)
123 -=Se=- ddssSe  Se.o2
124 -Br sBr  Br
125 - - -
126 - - -
127 -SnH3 sSnH3  Sn.3:3
128 -SnH2- ssSnH2  Sn.3:2
129 >SnH- sssSnH  Sn.3:1
130 >Sn< ssssSn  Sn.3
131 -I sI  I
132 -PbH3 sPbH3  Pb.3:3
133 -PbH2- ssPbH2  Pb.3:2
134 >PbH- sssPbH  Pb.3:1
135 >Pb< ssssPb  Pb.3
136 - - -

 
 
 
 
 

Molconn-Z Group Type ID Definitions

Group Type Limits

MOLCONNZ_GROUP_TYPES 46

Group Type ID Definitions

Ref. Num Atom Group Molconn-Z Group Label
0 - none 
1 CF3 trifluoromethyl 
2 C=N imine 
3 C(=N)N amidine 
4 C#N nitrile 
5 C=O carbonyl 
6 RC(=O)R ketone 
7 RC(=O)H aldehyde 
8 C(=O)N amide 
9 NC(=O)N urea 
10 NC(=O)OR carbamate 
11 NC(=O)OH carbamicacid 
12 C(=O)OR ester 
13 COO carboxylate 
14 C(=O)OH carboxylicacid 
15 OC(=O)O carbonate 
16 C=S thiocarbonyl 
17 - -
18 NN hydrazine 
19 - -
20 N=N azo 
21 N=O nitroso 
22 NO2 nitro 
23 ON=O nitrite 
24 OO peroxide 
25 - -
26 - -
27 - -
28 S=O sulfoxide 
29 S(=O)2 sulfone 
30 S(=O)2N sulfonamide 
31 S(=O)O sulfinate 
32 S(=O)OH sulfinicacid 
33 S(=O)2O sulfonate 
34 S(=O)2OH sulfonicacid 
35 OS(=O)2O sulfate 
36 OS(=O)2OH sulfuricacid 
37 SS disulfide 
38 - -
39 - -
40 P(=O)(O)2 phosphonate 
41 P(=O)(OH)2 phosphonicacid 
42 P(=O)(O)3 phosphate 
43 - -
44 - -
45 - -